L'abbazia fu costruita nel Medioevo sul sito di una precedente fortificazione. Una piccola parte di queste strutture difensive è stata incorporata nel complesso del monastero, un esempio del quale è la Torre Babengerg. Nel XV secolo, i monaci locali avviarono riforme all'interno dell'Ordine benedettino, predicando un ritorno alla dottrina originale di S. Benedetto e ottenendo il riconoscimento delle autorità ecclesiastiche, espresso, tra gli altri, da riconoscimento dell'organizzazione della comunità di Melk come esemplare da parte di Papa Urbano VIII. Monastero e chiesa di st. Pietro e S. Paul è stato sottoposto a una profonda barocco ed espansione nel XVIII secolo, a seguito della quale è stato creato uno dei più grandi complessi religiosi barocchi d'Europa e il più bell'esempio di barocco in Austria. L'iniziatore di questa espansione fu l'abate Berthold Dietmayr. La foto mostra la volta nella sala delle udienze.