De abdij werd in de middeleeuwen gebouwd op de plaats van een vroeger fort. Een klein deel van deze verdedigingswerken werd opgenomen in het kloostercomplex, een voorbeeld hiervan is de Babengergtoren. In de 15e eeuw begonnen de plaatselijke monniken hervormingen binnen de Benedictijnse Orde, waarbij ze een terugkeer naar de oorspronkelijke leer van St. Benedictus en het verkrijgen van erkenning van de kerkelijke autoriteiten, wat onder meer werd uitgedrukt door erkenning van de organisatie van de gemeenschap in Melk als voorbeeldig door paus Urbanus VIII. Klooster en kerk van st. Peter en St. Paul onderging in de 18e eeuw een grondige barokisering en expansie, waardoor een van de grootste barokke religieuze complexen van Europa en het mooiste voorbeeld van barok in Oostenrijk ontstond. Initiatiefnemer van deze uitbreiding was abt Berthold Dietmayr. De foto toont het gewelf in de audiëntiezaal.
