A abadia foi construída na Idade Média no local de uma fortificação anterior. Uma pequena parte dessas estruturas defensivas foi incorporada ao complexo do mosteiro, um exemplo do qual é a Torre Babengerg. No século 15, os monges locais iniciaram reformas dentro da Ordem Beneditina, proclamando um retorno à doutrina original de São Bento XVI e ganhando reconhecimento das autoridades da igreja, o que foi expresso, entre outros, por reconhecimento da organização da comunidade em Melk como exemplar pelo Papa Urbano VIII. Mosteiro e igreja de st. Pedro e São Paulo foi submetido a uma profunda barroqueização e expansão no século XVIII, em resultado da qual foi criado um dos maiores complexos religiosos barrocos da Europa e o mais belo exemplar do Barroco na Áustria. O iniciador dessa expansão foi o Abade Berthold Dietmayr. A foto mostra o cofre na sala de audiência.
