Klostret byggdes under medeltiden på platsen för en tidigare befästning. En liten del av dessa defensiva strukturer införlivades i klosterkomplexet, ett exempel på detta är Babengerg Tower. På 1400-talet inledde de lokala munkarna reformer inom benediktinorden och predikade en återgång till den ursprungliga doktrinen om St. Benedict och få erkännande av kyrkans myndigheter, vilket bland annat uttrycktes av erkännande av organisationen av samhället i Melk som exemplar av påven Urban VIII. Kloster och kyrkan st. Peter och St. Paulus utsattes för en grundlig barockisering och expansion på 1700-talet, vilket resulterade i att ett av de största barockreligiösa komplexen i Europa och det vackraste exemplet på barock i Österrike skapades. Initiativtagaren till denna expansion var abbot Berthold Dietmayr. Bilden visar valvet i publikhallen.