I batteri sono eubatteri procarioti, tipicamente unicellulari (privi di membrana cellulare). Morfologicamente sono rotondi (cocchi), cilindrici (bacilli), ricurvi (vibrioni), spirali (spirochete) o filamentosi. I batteri costituiscono il gruppo più importante di microrganismi nel trattamento delle acque reflue, utilizzano substrato in soluzione, sono eterotrofi o autotrofi, aerobici, anaerobici o facoltativi. Un centimetro di acque reflue può contenere miliardi di batteri. La crescita batterica ottimale avviene generalmente a pH compreso tra 6,5 e 7,5 e la maggior parte non tollera pH superiori a 9,5 o inferiori a 4,0.
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