A pelagem do Cão Pastor Alemão consiste em uma pelagem superior e um subpêlo. O sobretudo é longo, macio e ajusta-se bem nas orelhas, na parte posterior dos membros, no metacarpo e no tornozelo, formando bandeiras, enquanto nas coxas fofas, calças leves. Cauda fofa com abundante pluma por baixo. A cor é preta com castanho avermelhado, fulvo, amarelo ou cinza claro. Também são aceitáveis almofadas de sela em preto sólido ou cinza escuro, com máscara, assim como manchas brancas na forma de uma mancha no peito e uma cor mais clara. No entanto, os últimos não são desejados. A trufa é sempre preta, não importa a cor. O subpêlo é cinza, exceto para cães que são totalmente pretos. A cor branca ou manchada não é permitida.
