Козината на немското овчарско куче се състои от горна козина и подкосъм. Горното покритие е дълго, меко и прилепва плътно на ушите, задната част на крайниците, на метакарпуса и глезена, образувайки знамена, докато на бедрата пухкави, леки панталони. Пухкава опашка с обилен шлейф отдолу. Цветът е черен с червеникав, светлокафяв, жълт или светлосив тен. Плътни черни или сиви, мургави подложки за седла - с маска също са приемливи, както и бели маркировки под формата на петно върху гърдите и по-светъл цвят. Последните обаче не са желани. Трюфелът винаги е черен, без значение какъв цвят е. Подкосъмът е сив, с изключение на кучета, които са плътно черни. Не е разрешен бял или петнист цвят.
