El pelaje del Pastor Alemán consiste en una capa superior y una capa interna. El abrigo es largo, suave y se ajusta bien en las orejas, la parte posterior de las extremidades, en el metacarpo y el tobillo, formando banderas, mientras que en los muslos, pantalones ligeros y esponjosos. Cola esponjosa con abundante penacho debajo. El color es negro con tostado rojizo, leonado, amarillo o gris claro. También se aceptan almohadillas de silla de montar negras o grises sólidas, oscuras, con una máscara, al igual que las marcas blancas en forma de una mancha en el pecho y un color más claro. Sin embargo, estos últimos no son deseables. La trufa es siempre negra, sea del color que sea. La capa interna es gris, a excepción de los perros que son de color negro sólido. No se permite el color blanco o manchado.
