Kalksten är en bergart som i huvudsak består av mineralet kalkspat. Kalksten är vanligen en biogen sedimentär bergart, men kan också bildas genom kemisk utfällning av kalcit, och är då en kemisk sedimentär bergart. De kalkstenar i Sverige som bildats under proterozoikum har oftast bildats på detta sätt.
Sedimentär kalksten, som är den vanligaste, bildas genom avsättning av kalkslam och skalrester från olika fossil med skal, till exempel koraller och snäckor. Det innebär att kalkstenens innehåll speglar den miljö som fanns när den avsattes.
När en kalksten utsätts för höga tryck och temperaturer i jordskorpan omvandlas den till marmor.
